• 河口海岸学国家重点实验室
• 精密光谱科学与技术国家重点实验室
• 石油化工分子转化与反应工程全国重点实验室

• 国家可信嵌入式软件工程技术研究中心

• 浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站

• 可信软件国际联合研究中心

• 脑功能基因组学教育部重点实验室
• 地理信息科学教育部重点实验室
• 极化材料与器件教育部重点实验室
• 青少年健康评价与运动干预教育部重点实验室
• 统计与数据科学前沿理论及应用教育部重点实验室
• 数学与工程应用教育部重点实验室（筹）

• 纳光电集成与先进装备教育部工程研究中心
• 软硬件协同设计技术与应用教育部工程研究中心
• 区块链数据管理教育部工程研究中心（筹）

• 全球创新与发展研究院

• 可信软件国际合作联合实验室
• 绿色大河三角洲国际合作联合实验室（筹）

• 长江三角洲河口湿地生态系统教育部野外科学观测研究站

• 华东师范大学中国行政区划研究中心

• 课程与教学研究所
• 中国现代思想文化研究所
• 俄罗斯研究中心
• 中国文字研究与应用中心
• 基础教育改革与发展研究所
• 中国现代城市研究中心

• 智能教育实验室

• 职业教育教材建设和管理政策研究基地
• 中小学地理教材研究基地

• 民族与发展研究院

• 澳大利亚研究中心
• 美国研究中心
• 白俄罗斯研究中心
• 周边国家研究院
• 中东欧研究中心
• 中亚研究中心

• 国家智能社会治理实验基地教育特色基地
• 国家智能社会治理实验基地养老特色基地

• 全国普通高校中华优秀传统文化传承基地（篆刻）

• 华东师范大学老龄科研基地（人口老龄化与老年问题研究）
• 国家语委研究型基地全球中文发展研究中心
• 国家教师发展协同创新实验基地暨国家级教师培训管理者发展研究中心
• 团中央中国特色社会主义理论体系研究华东师范大学研究基地
• 国家新闻出版署出版智库上海出版研究院
• 国家新闻出版署出版融合发展（华东师大社）重点实验室
• 自然资源部超大城市自然资源时空大数据分析应用重点实验室
• 自然资源部大都市区国土空间生态修复工程技术创新中心
• 自然资源部浙江舟山岛屿生态系统野外科学观测研究站（筹）

• 上海市脑功能基因组学重点实验室
• 上海市绿色化学与化工过程绿色化重点实验室
• 上海市磁共振重点实验室
• 上海市高可信计算重点实验室
• 上海市调控生物学重点实验室
• 上海市核心数学与实践重点实验室
• 上海市多维度信息处理重点实验室
• 上海市心理健康与危机干预重点实验室

• 上海分子治疗与新药创制工程技术研究中心
• 上海数字化教育装备工程技术研究中心
• 上海有机固废生物转化工程技术研究中心

• 长江三角洲河口湿地生态系统上海市野外科学观测研究站

• 上海市基因编辑与细胞治疗前沿科学研究基地
• 上海市分子智造前沿科学研究基地

• 上海市可信工业互联网软件协同创新中心

• 上海市大数据管理系统工程研究中心

• 上海市人民政府决策咨询研究基地曾刚工作室（方向：长三角区域一体化）
• 上海市人民政府决策咨询研究基地余南平工作室（方向：国际战略与上海发展）
• 上海市人民政府决策咨询研究基地吴瑞君工作室（方向：上海人口结构和发展趋势方向）
• 上海市人民政府决策咨询研究基地冯学钢工作室（方向：都市旅游与服务管理）
• 上海市人民政府决策咨询研究基地汪荣明、殷德生工作室（方向：大数据统计与金融风险管理）
• 上海市人民政府决策咨询研究基地杜德斌工作室（方向：城市与区域创新）
• 上海市"党的执政能力建设"社会科学创新研究基地
• 上海市"教育强国的教育公平研究"社会科学创新研究基地
• 上海市习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心（华东师范大学研究基地）
• 国家教育宏观政策研究院（上海市重点智库）
• 上海市“中国教育学学术话语体系与创新研究”社会科学创新研究基地
• 上海市“中国历史学话语体系建设与国际传播”社会科学创新研究基地
• 上海市“中国特色的转型社会学研究”社会科学创新研究基地
• 上海市“中国发展道路的政治经济学”社会科学创新研究基地
• 上海市“中国诠释学”社会科学创新研究基地

• 周边合作与发展协同创新中心
• 上海城市发展协同创新中心
• 全球创新与发展研究院
• 电竞产业发展研究中心

• 上海市语文教育教学研究基地
• 上海市体育教育教学研究基地
• 上海市地理教育教学研究基地
• 上海市课程教育教学研究基地
• 上海市心理教育教学研究基地
• 上海市生命科学教育教学研究基地
• 上海市数学教育教学研究基地
• 上海市信息科技教育教学研究基地
• 上海市通用技术教育教学研究基地
• 上海市基础教育教材建设重点研究基地

• 上海市美国创新与发展研究中心